Kavite içine uygulanan ozon terapi, rektal, vajinal ya da üretra gibi boşluk alanlarındaki enfeksiyonların tedavisinde uygulanmaktadır. İnce bir kateterle boşluğun içine girilerek belirli bir süre boyunca ozon gazı verilmesi şeklinde uygulanır. Majör ve minör otohemoterapiye ek olarak uygulanır.